課程資訊
課程名稱
次世代定序資料分析特論
Special Topics in Next-generation Sequencing Data Analysis 
開課學期
101-2 
授課對象
生物資源暨農學院  生物產業機電工程學研究所  
授課教師
陳倩瑜 
課號
BME5921 
課程識別碼
631 U1270 
班次
 
學分
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期四7,8,9(14:20~17:20) 
上課地點
 
備註
總人數上限:15人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1012SpecialTopicsNGS 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
本課程尚未建立核心能力關連
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

本課程擬指導修課同學如何利用現有的(多數可從公開資料庫下載)次世代定序資料,進行大規模的計算分析,旨於從大量的統計數據中獲得具有生物意義的發現,過程中也訓練修課同學如何利用計算方法提升研究效能。

預修課程:生醫資料探勘

這門課假設修課同學:
(1) 熟悉各式各樣的生物資訊資料庫 (如:ncbi, uniprot, genome browser, PDB, TRANSFAC, ...)
(2) 熟悉各種生物序列的處理 (如:sequence alignment, motif finding, ...)
(3) 接觸過NGS data (如:DNA-seq, RNA-seq, ChIP-seq, ...)
(4) 瞭解microarray的運作原理與常用分析 (如:heatmap, differential genes, ...)
(5) 熟悉各種機器學習演算法 (如:clustering, classification, feature selection, ...) 

課程目標
本學期(101下)的課程內容將鎖定long non-coding RNA (lncRNA)的發現與功能性預測,首先將選擇果蠅(Drosophila)作為研究對象,必要時將搭配人類與小鼠的資料進行交互比對。與醫學院分子醫學研究所吳君泰老師共同授課! 
課程要求
(1) 每週會有作業 (可能是蒐集資訊/閱讀相關文獻/寫程式)
(2) 上課過程中積極參與討論 (針對資料分析方法的設計)
(3) 英文撰寫 (將自己實作的分析方法詳細描述出來)

學期間,課程內容可能涵蓋以下主題:
1. Basics with next-generation sequencing (NGS) data
2. Transcriptome sequencing (RNA-seq) data analysis
3. Transcriptome assembly (not the focus of this semester)
4. GO and pathway analysis for differential genes (not the focus of this semester)
5. Genome sequencing and assembly (not the focus of this semester)
6. Genome annotation
7. ChIP sequencing (ChIP-seq) data analysis
8. Pattern discovery
9. Promoter characterization
10. Machine learning (building classification models)

修課同學需具備程式撰寫能力。
也建議欲修課的碩博士生先取得指導教授的同意。 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
 
指定閱讀
 
參考書目
 
評量方式
(僅供參考)
 
No.
項目
百分比
說明
1. 
課堂討論 
30% 
相關文獻分享+分析方法討論 
2. 
每週作業 
70% 
相關文獻閱讀+資料蒐集與分析+英文寫作 
 
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
2/21  How does this course work? <br>
Potential functions of lncRNA (long noncoding RNA) 
第2週
2/28  國定假日 
第3週
3/07  Review on current status of lncRNA studies in human <br>Collecting genome data <br>Reference-based transcriptome assembly 
第4週
3/14  Review on current status of lncRNA studies in mouse 
第5週
3/21  Prediction and annotation of lncRNA 
第6週
3/28  Review on current status of lncRNA studies in fruit fly 
第7週
4/04  國定假日 
第8週
4/11  Discussion on HW1 and grouping 
第9週
4/18  Discussion on group objectives and job assignment 
第10週
4/25  Midterm evaluation 
第11週
5/02  Two manuscripts to go 
第12週
5/09  Week 1: manuscript organization 
第13週
5/16  Week 2: cooking materials 
第14週
5/23  Week 3: check, check, check!! 
第15週
5/30  Database layout 
第16週
6/06  Revision of the database content 
第17週
6/13  Promoter analysis of lncRNAs 
第18週
6/20  Due date